Przyczyną zapalenia zatok i kataru jest zapalenie śluzówki, wyścielającej jamy znajdującej się pomiędzy kośćmi twarzy. Śluzówka staje się opuchnięta, blokując kanały oczyszczające zatoki. Śluz, nie znajdując ujścia, gromadzi się i w rezultacie zwiększa ciśnienie w zatokach, powodując ich bolesność nawet przy dotyku.