Rdest wężownik jest trwałą byliną osiągającą 1 m wysokości. Wytwarza grube, podziemne kłącza. Łodyga jest cienka, pojedyncza i słabo ulistniona. Rosną na niej jajowate, zaostrzone, ogonkowe liście o szarym spodzie. Na końcu łodygi znajduje się gruby, zbity kwiatostan o kłosowatym kształcie. Kwiaty są drobne i różowe. Owocem rdestu jest trzykanciasty orzeszek.